連合創薬医療情報研究科 本田諒研究室
研究全般
ChapGPT
はやりの生成系AI。論文の検索、ブレインストーミング、英語の添削などに使えます。
https://chat.openai.com/auth/login
Scopus
雑誌のCiteScoreやRankingなどが収録。閲覧には学術機関レベルでの契約が必要です。
PubMed
論文の検索に使えます。研究課題に関連するキーワードを設定したリンクを作成することで、。最新の論文のフォローもできます。
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/
Google Scholar
論文の検索に使えます。フリーワード検索時にはPubMedよりも使いやすいです。
SciFinder
低分子化合物の情報が収録。閲覧には学術機関レベルでの契約が必要です。
構造生物学・分子生物学
Blast
遺伝子とタンパク質配列が似たものを検索してくれます。
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
DeepMap
がんのデータベースですが、興味のある遺伝子の細胞増殖や生存レベルでの重要性がわかります。
gnomAD
ヒトの一塩基多型のデータベース。興味のある遺伝子変異の重要性が推測できます。
https://gnomad.broadinstitute.org/
ClinVar
ヒトの遺伝子変異と疾患の関連のデータベース。興味のある遺伝子変異の重要性が推測できます。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/
Uniprot
タンパク質の構造や機能を調べるには、まずはここのサイトがお勧めです。
PDB
タンパク質の3次元立体構造のデーターベース。Uniprotのリンクから飛んでくることが多いです。
Protein Calculator
タンパク質のアミノ酸配列を入力すると、分子量や等電点、吸光度係数を計算してくれます。・
https://protcalc.sourceforge.net/
Translate tool (Expasy)
塩基配列からアミノ酸配列に翻訳してくれます。レイアウトが見やすいため重宝しています。
https://web.expasy.org/translate/
PeptideCutter (Expasy)
タンパク質の酵素切断サイトを調べます。親和性タグを切断する際には検索が必須です。
https://web.expasy.org/peptide_cutter/
AmyloFit
アミロイド生成の経時データからモデルを推定してくれます。登録が必要です。
https://amylofit.com/amylofitmain/login/
BestSel
円二色性スペクトル（CD）からタンパク質の2次構造含有率を推定してくれます。